Jezioro Mikołajskie ma powierzchnię 5 km², długość 5,8 km, maksymalną szerokość 1,6 km i maksymalną głębokość 25,9 m. Akwen ten na północy łączy się z jeziorem Tałty pod mostem drogowym w Mikołajkach. Do jednego z filarów mostowych przykuwany jest corocznie podczas Dni Mikołajek na łańcuchu Król Sielaw.
Jezioro to w części południowo-wschodniej łączy się z jeziorem Śniardwy przez Przeczkę, cieśninę między Dybowskim, a Popielskim Rogiem. Jezioro Mikołajskie w części południowo-zachodniej, łączy się bezpośrednio z jeziorem Bełdany. Granica między tymi jeziorami przebiega w sposób umowny na wysokości cypla półwyspu Popielskiego Rogu. Na zachodnim brzegu jeziora rozciąga się Puszcza Piska. Nie istnieją wyraźne granice między jeziorami, wyznaczają je miejsca przewężeń. Jezioro Mikołajskie jest łącznikiem przyjmującym wodę ze środkowej części (z jeziora Tałty i systemu Niegocin-Tałtowisko) i z południowej części zlewni (z jeziora Bełdany) oraz przekazującym ją przez cieśninę do jeziora Śniardwy.
Akwen ten jest jeziorem rynnowym, typu sielawowego (jezioro charakteryzujące się dużą głębokością, twardym dnem, piaszczystymi brzegami porośniętymi skąpą roślinnością oraz znaczną przejrzystością wody). Amatorzy wędkarstwa mogą złowić szczupaka, węgorza, okonia, leszcza.
Żeglarze wpływający od południa na jezioro Mikołajskie mogą najpierw ujrzeć od wschody porośnięty lasem malowniczy Półwysep Kusnort. Przy brzegu widać pozostałości miejscowości, która już nie istnieje – Dybowo. Od jeziora prowadzi do niej szeroki kanał, kiedyś miejsce do cumowania. Po wojnie było to gospodarstwo rolne.
Zbliżając się do stolicy polskiego żeglarstwa – Mikołajek stopniowo wyłania się panorama miasta. Najpierw ciągnącą się przeszło kilometr mikołajska keja ze stojącym długim rzędem jachtów. Nad nią malowniczo połamana linia czerwonych dachów starych mazurskich domostw wzdłuż uroczej ulicy Kajki. Wśród nich domy wczasowe, przystań Mazurskiego Klubu Żeglarskiego, prostokątna wieża ciśnień oraz spiczasta wieżyczka kościoła ewangelickiego. Brzeg zachodni jeziora porośnięty jest mieszanym lasem.
Przed mostem znajduje się przystań Żeglugi Mazurskiej. Warto stanąć przy tej kei, a koniecznie trzeba, jeśli się jest pierwszy raz na Mazurach. Następnie żeglarze mogą zacumować przy Przystani „Galindia”, dawniej OZOS „Stomil” (naprzeciwko Wioski Żeglarskiej) gdzie czekają na nich małe pomosty, ciepła kąpiel, dźwig, warsztat szkutniczy i mechaniczny, ładowanie akumulatora, prąd na kei oraz świetlica z TV. Przystań świadczy również usługi w zakresie pośrednictwa czarterowego i zimowania jachtów. Jest tutaj spokojnie i zacisznie.
W odległości 200 m na północ od Galindii przy zachodnim brzegu mieści się przytulna przystań „Cicha Zatoka”. Z ulicy brama zaprasza na pomosty dla gości i własnego taboru czarterowego.
Ostatnia w Mikołajkach przystań „Hotel Gołębiewski” zaprasza żeglarzy do kei usytuowanej u stóp wyniosłej skarpy, już za Tałtami. Na skarpie rozległy budynek hotelu. Żeglarze płacą tu za postój. Miejsce to jest kuszące również ze względu na zasłonę z zachodniej połówki.
